Як уже було сказано вище, вивести вірус з організму неможливо. Лікування цитомегаловірусу містить комплекс заходів, спрямованих на стримування вірусу, його “присипляння”, полегшення симптомів і позбавлення від них.
Усі застосовувані противірусні препарати (фоксарнет, ганцикловір, валганцикловір) є токсичними та дають масу ускладнень, тому їх призначають тільки за життєвими показаннями. У деяких випадках використовують антицитомегаловірусний імуноглобулін (цитотект).
На сьогодні методу лікування, за допомогою якого повністю усувається з організму цитомегаловірус, не існує. За нормального стану імунної системи і відсутності активності з боку вірусу, лікування, як такого, не потрібне.