Файлова система FAT32 не дозволяє зберігати окремі файли розміром більше 4 ГБ, а система NTFS дозволяє. У порівнянні із системою FAT32, файлова система NTFS найефективніше використовує диск і керує дисковим простором. Швидкості зчитування та запису вище у системи NTFS.
Файлова система FAT має перевагу перед NTFS у цьому, що вона сумісна з багатьма операційними системами. Більше того, багато інших пристроїв, таких як цифрові камери та MP3-плеєри, також використовують FAT32. На відміну від неї, NTFS підтримується лише операційними системами Windows.
Основна перевага NTFS з точки зору швидкодії полягає в тому, що цій системі байдужі такі параметри, як складність каталогів (кількість файлів в одному каталозі), розмір диска, фрагментація і т. д. У системах FAT а, навпаки, кожен із цих чинників призведе до значного зниження швидкості роботи.
Недоліки FAT Це з тим, що з збільшення розміру тому продуктивність FAT швидко знижується. Неможливо встановити дозволи для файлів, які є розділами FAT. Розмір розділів FAT обмежений до 4 ГБ при Windows NT та 2 ГБ у MS-DOS.