З 1960-х років рівень моря (і обсяг води в ньому) став швидко знижуватися, у тому числі і внаслідок забору води з основних живильних річок Амудар'ї та Сирдар'ї з метою зрошення, в 1989 році море розпалося на дві водойми, з'єднаних звуженою протокою Берга – Північне (Малое) і Південне (Велике) Аральське море.
У 1985-1986 роках рівень моря знизився з 53 до 41 м (щодо рівня Балтійського моря), пересохла протока Берга, Арал розпався на дві незалежні водоймища — Великий і Малий. До 2002 року рівень впав ще на 10 м, у 2006 році від Великого Арала відокремилася глибоководна частина – колишня затока Тще-Бас.
З 1960-х років XX ст. рівень моря (і обсяг води в ньому) швидко знижується внаслідок забору води з основних живильних річок Амудар'я та Сирдар'я. До початку обмелення Аральське море було четвертим за величиною озером у світі. Майже весь приплив води в Аральське море забезпечується річками Амудар'я та Сирдар'я.
рівень моря почав знижуватися зі швидкістю від 20 до 80-90 см на рік. За останні 50 років загальний стік річок у Аральське море скоротився в середньому до 12,7 куб. Км, або майже 4,5 разу. Площа водної поверхні моря зменшилась у 8 разів, об'єм водної маси зменшився більш ніж у 13 разів.