Виділяють такі митні операції: Митні операції, пов’язані з прибуттям товарів на митну територію ЄАЕС. Митні операції, пов’язані з вибуттям товарів з митної території ЄАЕС. Митні операції, пов’язані з поміщенням товарів на тимчасове зберігання.
На сьогоднішній день відповідно до ТК ЄАЕС існує 17 митних процедур: Випуск для внутрішнього споживання Експорт Митний транзит
Учасник ЗЕД самостійно обирає митну процедуру, залежно від цілей переміщення товару та його подальшого використання.