Мікроорганізми, що спричиняють захворювання в організмі людини, називаються патогенами.
Під інфекційними агентами зазвичай розуміють віруси, мікроорганізми (бактерії, гриби, найпростіші), пріони, а також гельмінти. У разі бактерій інфекція може бути викликана бактеріофагами. Якщо внаслідок інфекції розвивається захворювання, то така інфекція називається інфекційним захворюванням.
До мікроорганізмів належать бактерії, віруси, гриби, тварини та рослини. Сапрофіти – мікроорганізми, які не чинять несприятливого впливу на організм тварини або людини, не викликають захворювань.
Мікробіом людини включає в себе бактерії, археї, гриби, протисти і віруси. У контексті геноміки термін “мікробіом людини” інколи використовується для позначення колективних геномів резидентних мікроорганізмів; однак термін “метагеном людини” має те саме значення.