T1/2 варіює, але зазвичай становить близько однієї доби (16-24 год). Близько 64% екскретується із сечею у вигляді метаболітів, менше 2% – у незміненому вигляді; інша кількість виводиться з фекаліями (ймовірно потрапляючи в нього з жовчю) у вигляді метаболітів, менше 1% – у незміненому вигляді.
Пароксетін не слід застосовувати у комбінації з тіоридазином, оскільки, як і інші препарати, що пригнічують активність печінкового ізоферменту CYP2D6, пароксетин може підвищувати концентрації тіоридазину в плазмі, що може призвести до подовження інтервалу QTc і пов'язаної з цим шлуночкової аритмії типу «пірует», …
З боку травної системи: дуже часто – нудота, зниження апетиту; часто – сухість у роті, блювання, запор, діарея; рідко – підвищення активності печінкових трансаміназ; дуже рідко – шлунково-кишкова кровотеча, гепатит (іноді з жовтяницею), печінкова недостатність.