Ґрунт, мул і сміття, підняті з дна, занурюють на самоскиди, що стоять на березі. Також застосовують біологічний спосіб очищення: у воду поміщають спеціальні бактерії, які розкладають шкідливі речовини, працюючи як септик. За літо кожен ставок чистять бактеріями близько семи разів.
Якщо ділянка річки невеликого розміру, то вартість очищення під ключ із формуванням берегів не менше 350000 рублів, без вартості на перевезення обладнання. Якщо ж обсяги великі, то ціна виконання робіт від 180 до 350 рублів/м2, враховуючи стан річки, її замуленість і заростання.
Будь-яка водойма має свою екосистему, вона збалансована, в ній закладено самою природою властивість самоочищатися і відновлюватися. Але оскільки людський фактор втручається в усі природні процеси, як і сама природа, то очищення необхідне.