Лінімент застосовують наружно. Після хірургічної обробки ран та опіків лінімент синтоміцину наносять безпосередньо на ранову поверхню, після чого накладають стерильну марлеву пов'язку або лінімент. синтоміцину наносять на перев'язувальний матеріал, а потім на рану.
Необхідну ділянку шкіри потрібно ретельно промити та просушити, потім нанести синтоміцинову мазь на ватний диск та зафіксувати його на шкірі на 4-6 годин. Лікування синтоміциновою маззю від прищів проводиться упродовж 5 днів. Для лікування гінекологічних захворювань та в урології.
Інфіковані рани у II фазі ранового процесу (відсутність гною, некротичних тканин), викликані чутливими мікроорганізмами, у тому числі опіки 2-3 ступеня, які тривалий час не гояться трофічні виразки.
Лінімент синтоміцину застосовують зовнішньо або місцево, завдаючи його тонким шаром на область ураження, або намазують на марлеву стерильну серветку і фіксують на рані. Пов'язки змінюють 1-2 рази на добу протягом 7-10 днів залежно від тяжкості та характеру ушкоджень.