Буданов був убитий у Москві у червні 2011 року чотирма пострілами в голову. До цього він був відомий у зв'язку зі звинуваченнями у вбивстві чеченки Ельзи Кунгаєвої і став єдиним старшим офіцером російської армії, засудженим за військові злочини в Чечні.
10 червня 2012 року в Москві було вбито полковника російської армії, колишнього командира 160 танкового полку Юрія Буданов. Його вбивство викликало величезний резонанс. За підозрою у вбивстві був заарештований уродженець Чечні Магомед Сулейманов, він же Юсуп Темірханов.
Згідно з експертним висновком, смерть Ельзи Кунгаєвої настала від удушення руками безпосередньо у кунгі, де жив полковник Юрій Буданов. Дослідження також показали, що розриви в області статевих органів та прямої кишки на тілі загиблої дівчини, можливо, були зроблені живцем саперної лопати вже після її смерті.