Корінь тонкий, стрижневий, гіллястий, світло-бурий. Стебла поодинокі, зазвичай сильногіллясті, прямостоячі, порожнисті всередині. Листки чергові, сидячі, завдовжки 2-5 см, двічі перисторозсічені, з вузьколінійними загостреними, розсунутими сегментами завширшки 0,5 мм.
Дуже часто ромашку аптечну плутають із пупавкою польовою (Anthemis arvensis). Перша відмінність між цими двома рослинами – форма квітколожа. У ромашки аптечної воно конічне, а у пупавки – ледь опукле. Якщо його розрізати, то у ромашки воно виявиться порожнистим усередині, тоді як у пупавки – щільне.
Рослину легко відрізнити від інших видів ромашки за будовою суцвіття. Дрібний кошик з білими крайовими пелюстками і жовтим центром, де на високому конусі (опукле квітколоже) розташовані трубчасті квітки. Відмінною особливістю є порожнисте усередині квітколоже (при вертикальному розрізі).