Перші прообрази ЄДІ стали з'являтися в Росії 1997 року. В окремих школах почали проводити експерименти із добровільного тестування випускників. Автором ідеї Єдиного державного іспиту в Росії став Володимир Філіппов, який очолював Міністерство освіти з 1998 до 2004 року.
Вперше експеримент із введення ЄДІ був проведений у 2001 році в республіках Чувашія, Марій Ел, Якутія, а також у Самарській та Ростовській областях з восьми навчальних дисциплін.
На запитання: Хто придумав ЄДІ в Росії?" – Є однозначна відповідь: Філіппов Володимир Михайлович. Він вважав, що тестова форма іспиту впорається з цими проблемами.
Офіційно ЄДІ у Росії запровадили у 2009 році. Він став обов'язковим як випускний і вступний іспит. За цей час і завдання у тестах та кількість предметів неодноразово змінювали. Коли тільки ввели ЄДІ, то здавали російську та математику.