Відмінність між найпростішими та бактеріями полягає наявності ядра. Бактерії – це одноклітинні утворення, які ядра не мають. Без'ядерні організми називаються прокаріотами. Найпростіші перші сформували в клітині найпростіше ядро.
Подібність – Складаються лише з однієї клітини. Відмінність – найпростіші мають ядро, а бактерії – Ні.
На відміну від інших мікробів, бактерії виділяють на категорії за критеріями, що належать тільки до них: Виживання у середовищі без кисню; Форма бактерій: палички (bacillus), кола (cocci) чи спіралі (spirillum);
Бактерії відрізняються від усіх клітинних організмів тим, що в їх клітинах немає оформленого ядра: ядерна речовина (хромосома) розташовується в цитоплазмі та не відокремлена від неї оболонкою.